В открытых водоемах состав и количество микроорганизмов зависят от времени года и заселенности прибрежных участков. Наибольшая загрязненность микрофлорой наблюдается весной в период паводка или после обильных дождей. Вниз по течению от населенного пункта вода всегда более загрязнена, чем вверх от него.
В прибрежных зонах количество микроорганизмов всегда больше, чем в местах, удаленных от берега. Колеблется оно и по вертикали от поверхности ко дну водоема. Наибольшее число приходится на слой воды, расположенный на глубине 5-20 м. В воде обитают преимущественно бесспоровые бактерии (около 97%), а в иле - главным образом спороносные (около 75%). Особенно много бактерий содержится в поверхностном слое ила. Здесь образуется своеобразная пленка из железо- и серобактерий. Серобактерии выполняют важную для жизни водоема функцию - препятствуют диффузии в воду образующегося в иле сероводорода, окисляя его до серной кислоты. Когда во время волнений водоема пленка разрушается и сероводород диффундирует в воду, нередко происходят большие заморы рыбы.
Просачиваясь сквозь толстые слои грунта, вода отфильтровывается как от самих микроорганизмов, так и от органических веществ, необходимых для их развития. Поэтому подземные воды содержат значительно меньше микрофлоры, чем воды открытых водоемов, хотя количество и её видовой состав также колеблются в зависимости от глубины залегания водоносного слоя и характера грунта.
В неглубокие слои, выходящие на поверхность родниками и питающие обычные колодцы, легко просачиваются поверхностные загрязнения, содержащие микроорганизмы. В некоторых случаях даже глубокое залегание водоносного слоя не обеспечивает чистоту воды вследствие слабой фильтрующей способности грунта, сквозь который возможно просачивание загрязненных поверхностных вод.
Степень бактериальной загрязненности воды определяется титром кишечной палочки (E.Coli). Эта бактерия живет в кишечнике человека и других теплокровных животных. Ее избыточное присутствие в образце воды – свидетельство загрязненности этой воды канализационными стоками, следовательно, в ней велика вероятность присутствия и патогенной микрофлоры.
Coli-титром называется наименьшее количество воды, в котором обнаруживается кишечная палочка. Для водопроводной питьевой воды Coli-титр должен быть не менее 300 мл; чем больше титр, тем выше качество воды. В 1 литре воды кишечных палочек должно быть не более 3 (так называемый Coli-индекс)
Вода колодцев и открытых водоемов признается доброкачественной если Coli-титр её - не менее 100 мл, а Coli-индекс не более 10.
